一、印花税
印花税是平时容易忽视的小税种，但公司注销的时候一定要会被翻个底朝天。实收资本、资本公积、营业账簿、租赁、购销合同以及企业成立以来的重大合同都是检查的重点。建议企业先自查一遍，该补税的补税。
二、个人所得税
借给老板20万，一直没归还，怎么处理？财税[2003]158号规定，老板自公司借款，一个纳税年度没有归还，也没有用于生产经营的，应该视同分配股息红利，按照20%扣缴个税。公司注销前应该扣缴4万的个税。因此，公司注销前一定要好好自查一下“其他应收款”科目。
三、账面存货低价销售
很多公司注销时账面都有存货，可以低价销售出去吗？答案是可以。通常企业处理临期商品或因清偿债务、转产、歇业等原因进行降价销售商品的，一般可视为有正当理由的低价销售行为，不会被税务局视为价格偏低而进行核定。
四、账面库存分配给投资者
一家商贸公司，账面有一批20万元的商品，市场价格是25万元，注销时，计划将商品分配给股东。按照《增值税暂行条例实施细则》的规定，将商品分配给投资者应该视同销售，应缴纳的销项税是3.25（25*13%）万元。
五、库存损毁了怎么处理?
一家商贸公司,在办理公司注销时发现，一批113万元的存货由于管理不善毁损没有价值了，这批货物前期已经抵扣了进项税。由于是管理不善导致的毁损，公司注销时应该转出进项税13（113/1.13*13%）万元。
六、留抵税额能退吗？
根据规定，企业注销后，期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及留抵税额，税务机关都是不再退还的。企业可以将相当于该部分进项税额的货物销售给关联公司，产生销项税，同时能给关联公司开具进项发票，将留抵的税额转嫁给关联公司。但是，一定要注意，和关联公司的交易是要有商业理由，真实存在的。虚开发票不可取！
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